碼頭裝卸管理系統是以海港碼頭裝卸業為設計對象，提供完整系統功能，並含括電子發票開立功能，可直接於系統中開立電子發票，然後上傳至加值中心，再透過加值中心上傳至財政部電子發票大平台。

碼頭裝卸管理系統計有12大功能，略述如下：

1.系統設定：設定系統基本資料及系統程式資料，並管理系統試用者及其權限，完整的系統LOG也呈現在此。

2.基本資料管理：管理系統各類基本資料，例如：員工資料、職/勞/健保級距異動、計量單位、貨物名稱、發票品項名稱、、等基本資料，供系統其他功能調用。

3.客戶資料管理：管理客戶及報關行資料，並設定客戶預設請款項目，可迅速建立客戶應收帳款資料。

4.報價資料管理：登錄客戶報價單資料，單一報價單可依需要分別不同的版本，以完整建立報價過程紀錄。

5.委託資料管理：登錄詳細船籍資料，以及裝卸貨物詳細資料及噸數，並可上傳裝卸施作照片，紀錄裝卸施作過程。工人的工作獎金依實際裝卸噸數由系統自動計算。

6.員工薪資管理：記錄員工基本薪資資料，以及每月實領薪資資料，員工出差勤記錄及堆高機施作加班費，經實際登錄由系統自動計算。系統依需要產出各類薪資報表，以及銀行匯薪檔案。

7.發票資料管理：登錄電子發票及手開發票字軌，並於系統直接開立電子發票，手開發票則於實際開立後於系統中登錄。已開立之電子發票、折讓單、空白發票等，皆可透過系統直接上傳到加值中心。已開立的電子發票若3天內未上傳，系統將自動提醒。依會計師需要，產出各類電子發票報表。

8.應收帳款管理：登錄應收帳款並進行應收帳款沖帳，所建立的應收帳款資料，可供電子發票開立時直接匯入，方便電子發票開立。系統依需求產出各類應收帳款報表，並可透過系統外掛的傳真系統及e-mail系統，直接傳真或e-mail請款單及電子發票證明聯給客戶，快速且方便。

9.應付票據管理：登錄應付票據相關資料，並自動顯示票期到期提醒。

10.零用金管理：登錄各項公司費用支出，並可關聯船籍資料，列入公司費用成本及船籍營收統計計算。

11.案件結案管理：確認應收款項已進帳，並可依各船籍顯示營收統計。

12.耗材機具維護管理：登錄裝卸施作之車輛、機具、設備的維修保養紀錄及支出費用，以列入營業費用支出。